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如何找到要下载的tcga coad maf文件

前几轮中的匿名标签和所有备注在每次迭代审核期间都可用。将在达成一致意见后进行最终裁决，最多不超过 5 轮。对于未达成一致意见的少数影像，使用多数人选择的标签。 审核时提供的信息仅包括患者年龄和影像视图（ap 和 pa）。未提供其他临床信息。

下载TCGA所有癌症的maf文件做signature分析- 云+社区- 腾讯云

这里教程里下载的是临床数据，我也先按流程走一遍： > clinical <- GDCquery_clinic(project= cancer_type,type = "clinical") 查看下载的数据： TCGA 标准方法. 下载肝细胞肝癌癌症组织及正常组织信息，统计分析采用 R 语言（3.1.1 版本）软件，需安装及加载的程序包（pheatmap，venndiagram，hist 等），然后用 DESeq 和 edgeR 程序包进行分析，结果以热图（pheatmap）、韦恩图（VennDiagram）hist、PlotMA 等表示。. 具体的差异基因分析策略参考 oshlack 等报道的方法 [1]。. 差异基因的判断标准：1- 表达量在 2 倍以上或者 0.5 倍以下，2-P 大家可以去下载到TCGA计划的这4个软件输出的maf文件格式的somatic突变信息文件哦。 首先下载安装 varscan软件 软件发表在 2013 Dec 12 . doi: 10.1002/0471250953.bi1504s44 ，文章标题是；Using VarScan 2 for Germline Variant Calling and Somatic Mutation Detection 可以使用TCGAbiolinks:::getProjectSummary(project)查看project中有哪些数据类型，如查询"TCGA-LIHC"，有7种数据类型（就是前面群主视频多次提到的数据类型），case_count为病人数，file_count为对应的文件数。小编要下载表达谱，所以设置data.category="Transcriptome Profiling" 如果你非要自己下载数据，才用客户端工具是firehose_get！ 客户端工具本质上就是根据几个定义好的参数，去它自己的电脑里面的文件夹里面找到你想要的文件，用wget下载即可！ 比如我想下载BRCA的临床信息，就用： 数据的下载比较简单，虽然官方也提供了可用的下载工具（命令行模式），但个人觉得并不需要： 找到需要的下载的癌型，点击Open即可： 页面跳转进入COAD所有可下载的数据的页面： 数据很多，命名很相近，也是让人有点无从下手 Maftools可以使用tcgaComapare函数统计MAF文件的TMB，并和内置的33个TCGA的cohorts进行比较： luad.mutload <- tcgaCompare(maf=luad, cohortName="Download_LUAD") 可以看到通过TCGA官网下载的LUAD和这里内置的TCGA-LUAD结果基本上一致（两者Cohort Size有所不同）。 下面开始对TCGA数据的下载做介绍。对基因表达数据，可用于下载的是level 3 的，在官网http://cancergenome.nih.gov/ 已经不提供直接下载方式，目前见的多的是用API或data-transfer-tool，可惜两个我都不会。我想我只会R语言，应该高手开发出了类似的包来供科研者使用吧，果不其然，发现了好几个可以下载TCG的A数据的包。 directory = "D:/data", #注意和GDCdownload设置的路径一致GDCprepare才可以找到下载的数据然后去处理。 save.filename = "GBM.RData") #存储一下，方便下载直接读取 TCGABiolinks 可以访问下载 GDC Data Portal 的数据，也可以访问下载 GDC Legacy Archive 的数据，还是以TCGA-COAD miRNA数据下载为例，分别来看下： ### 使用.

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  1. 注射药物手册免费下载pdf
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  3. 如何使用idm在mega上下载文件

目录 1. 下载地址： 2. vcf文件怎么打开？VCF是通讯录格式文件，一般用Outlook Express打开。VCF格式是Windows系统中outlook的名片存储格式，打开VCF格式需要使用各手机的配套软件，用outlook也可以打开VCF文件。 经过多年的发展，sas 已被全世界 120 多个国家和地区的近三万家机构所采用，直接用户则超过三百万人，遍及金融、医药卫生、生产、运输、通讯、政府和教育科研等领域。 sas在读书那会就听说了，但是由于其极其贵。。而且在学术界用的似乎并不广？ tcga数据库的利用（一）—— 数据下载！ 26453 2019-04-20 前序还有1个多月就要毕业了，而在此之前需要顺利完成自己的毕设，因为对纯生物方向一点也不感兴趣，所以课题方向选的是生信—tcga数据的利用，虽说本科专业与生物相关，但在整个大学期间基本就是在不挂科的情况下尽可能地与生物对着干 下载miRNASeq时，将文本下载到一个指定文件夹后，点击“合并文件”，我们会在指定文件夹中找到合并后的文本文件Merge_matrix.txt。 2、合并完后的数据列为geneID，行为Barcode（TCGA对样本的分类），但是，后面我做数据时发现中间有一行数据是无用的，显示read_count 所有工作都是作为irb批准的协议（bcm irb h-32711）的一部分进行的，该协议利用主要同意文件一般参与tcrb，并附有oa数据发布的选择同意附录。 在共有超过2, 500名参与者中，194名TCRB参与者提供了签署参与OA共享的选择加入附录的选项，超过一半的参与者同意在同意 “symbol.txt”（仅展示部分）:数据为TCGA-LUSC的转录本FPKM文件 “immune cell.txt”（仅展示部分）:免疫细胞基因集. 2.ssGSEA分析. 大家可以点开Rstudio,按照如下方式导入资料脚本” ssGSEA.R” 接下来大家将光标放在第一行后，点击“Run”即可运行每行代码，此处不建议刷住多行代码直接点击Run,对于初学者应当 如何下载Apple数据. 1.访问苹果的隐私网站 。 2.输入您的Apple ID和密码，并在必要时使用2FA进行身份验证。 3.在获取数据标题的副本下，点击或点按“开始使用”。 4.选择您要下载的数据类别。或者，您可以点击全选。 5.然后Apple会让您将这些数据划分为更小的 转到 BigQuery 中的 TCIA 数据集.

Mutect2 Github

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下载的MAF文件可能有两种格式 ，可能是47列，或者120列，这个对后续分析有什么影响？. 二、进行TCGA数据下载后这个仅仅有基因的突变型，我想要突变和野生型，怎么合并？. 2018-11-9 · 具体下载方式。 直接去TCGA官网下载数据也不难，都很容易，并且工具都在添加一些新的功能，比如最近添加的CNV的分析，举一反三的看ICGC的应用方式几乎和TCGA的应用方式是一样的。2）工具 主要用的R包，maftools,deconstructSigs以及他们的依赖包 2017-11-3 · TCGA自2016年改版后，下载方式变得大为不同，数据都整合在GDC（Genomic Data Commons）的DATA PORTAL中，所以我们要先进网址 https://portal.gdc.cancer.gov/ 。. 我以乳腺癌（BRCA）为例，进入TCGA-BRCA界面，这次选择下载的是RNA-Seq数据，点击RNA-Seq的1092个case，然后在点击Files自行设定筛选条件（我选择下载count数据，记得还要选open的数据），最后 … 2017-4-28 · ###最常用的为level3数据，文件较小，直接在网页上下载就可以。 ###目前主要有两个网站可以下载TCGA level-3的数据: >TCGA官网的data-portal: portal.gdc.cancer.gov 优点：数据最全，更新最快 2020-11-3 甲基化芯片数据下载 # All DNA methylation data for TCGA-GBM and TCGA-GBM query.met <- GDCquery(project = c("TCGA-GBM","TCGA-LGG"), legacy = TRUE, data.category = … 2017-11-12 · TCGA数据库除了有各种癌症的大样本数据外，还有很完善的临床数据，这点是其他数据库所缺少的，因此我们需要会从TCGA数据库中提取对应癌症的临床数据，然后利用这些数据来进行后续的分析（比如想知道某个基因的表达对病人的预后是否有 2020-12-10 · #这里需要注意的是，你要知道你的样品是根据哪一个基因组比对来的，使用的包也会不一样，#这里官网用的是hg19，然而我这里如果用hg19就会报错#当你用maf查看你的MAF文件信息summary的时候，如果NCBI_build那一项是hg19，这里就要用hg19;我的MAF 2017-3-31 · TCGA下载的RNA-seq数据（TXT），如何根据JSON患者数据合并 0 回答 请问下TCGA clinical数据里A8_New_Event_Time和A1_OS里的数据完全一样，A8的数据是不是错了？谢谢！ 1 回答 求助关于乳腺癌TCGA数据中，随访资料相互矛盾的问题 1 回答 1 回答 (1) GDC官方下载工具下载和安装 TCGA GDC Data Portal官网地址为： https://portal.gdc.cancer.gov/ 进入GDC主页面之后，选择"Repository"进行查看以及下载数据(Browse and download data)； 2018-2-1 · 5、此处的 submitter_id 即为常见的TCGA样本名：.

TCGA数据下载—TCGAbiolinks包参数详解- 组学大讲堂问答社区

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综上，基于 file_id、file_name、submitter_id 即可完成表达数据文件与样本名称的对应，例如之前下载的TCGA-COAD的miRNA数据，TCGA_GDC/COAD/miRNA/ f457196a-04ef-46f4-addc-3c698208f4d4 / ac35e037-f717-401d-8021-a8e3a7b0b368.mirbase21.mirnas.quantification.txt ，我们来详细看下这个目录结构。. 现在好了，换成新版的用户界面了，必须自己去GDC网站里面点击5次鼠标，然后下载 manifest 文件，然后用GDC提供的一个软件来下载！ 如下图所示： 如果要下载其它癌症，其它类型数据，把想要的框框选择好即可。 #因为我做头颈癌，所以选择HNSC，这个跟教程里的不一样 > cancer_type="TCGA-HNSC" （三）选择下载你想要的数据类型.

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需要参考基因组文件，还有要关注的区域如chr17plus. which itself is over 10x 我们也可以拿TCGA的MAF突变数据尝试下，先从TCGA官网上下载相关数据，比如我 The code for our implementation of a variant calling workflow using Swift/T  TCGA的maf文件开始控制下载了 大家都知道maf文件记录着肿瘤患者的somatic突变情况，通常我们可以根据这个信息来在同一个肿瘤内部进行分组挖掘数据，比如： 如果你还不 首先TCGA所有癌症的maf文件. maf格式的mutation记录文件在TCGA里面已经是level4的数据啦，所以是完全open的，可以随意下载，只需要去其 GDC官网 简单点击，选择即可。 主要步骤就是在 https://portal.gdc.cancer.gov/repository 里面点击过滤 文件类型 ，选择maf格式， 再过滤access权限 ，选择open即可，最后得到的 132个文件 就是我们需要的。 TCGA官网数据检索 如果在官网下，需要点击右边的 Launch Data Portal ，也就是上面TCGA数据下载的网址 进入到数据下载页面（可以直接点击上面TCGA数据下载网址）后，看到的目前版本如下，目前已有40个project，32555个case。 TCGA数据，指癌症测序数据，TCGA的全称为The Cancer Genome Atlas,癌症基因组图谱（TCGA）是美国国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）已生成的33种癌症的基因组的关键变化全方位，多三维地图之间的合作的TCGA数据集，其包含基因组数据的两个以上的PB的，已取得公开可用，以及该基因组 切换到case栏，选择我们要分析的肿瘤，这里下载TCGA-COAD的数据。 其他的信息，比如疾病类型，性别等根据自己需要选择。 筛选数据后，添加到cart。 TCGA自2016年改版后，下载方式变得大为不同，数据都整合在GDC（Genomic Data Commons）的DATA PORTAL中，所以我们要先进网址 https://portal.gdc.cancer.gov/ 。. 我以乳腺癌（BRCA）为例，进入TCGA-BRCA界面，这次选择下载的是RNA-Seq数据，点击RNA-Seq的1092个case，然后在点击Files自行设定筛选条件（我选择下载count数据，记得还要选open的数据），最后加所有样本都加入购物车Cart（总共会有1222个 5、此处的 submitter_id 即为常见的TCGA样本名：. 综上，基于 file_id、file_name、submitter_id 即可完成表达数据文件与样本名称的对应，例如之前下载的TCGA-COAD的miRNA数据，TCGA_GDC/COAD/miRNA/ f457196a-04ef-46f4-addc-3c698208f4d4 / ac35e037-f717-401d-8021-a8e3a7b0b368.mirbase21.mirnas.quantification.txt ，我们来详细看下这个目录结构。. 可以使用TCGAbiolinks:::getProjectSummary(project)查看project中有哪些数据类型，如查询"TCGA-LIHC"，有7种数据类型（就是前面群主视频多次提到的数据类型），case_count为病人数，file_count为对应的文件数。小编要下载表达谱，所以设置data.category="Transcriptome Profiling" #因为我做头颈癌，所以选择HNSC，这个跟教程里的不一样 > cancer_type="TCGA-HNSC" （三）选择下载你想要的数据类型.

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目录 1. 下载地址： 2. vcf文件怎么打开？VCF是通讯录格式文件，一般用Outlook Express打开。VCF格式是Windows系统中outlook的名片存储格式，打开VCF格式需要使用各手机的配套软件，用outlook也可以打开VCF文件。 经过多年的发展，sas 已被全世界 120 多个国家和地区的近三万家机构所采用，直接用户则超过三百万人，遍及金融、医药卫生、生产、运输、通讯、政府和教育科研等领域。 sas在读书那会就听说了，但是由于其极其贵。。而且在学术界用的似乎并不广？ tcga数据库的利用（一）—— 数据下载！ 26453 2019-04-20 前序还有1个多月就要毕业了，而在此之前需要顺利完成自己的毕设，因为对纯生物方向一点也不感兴趣，所以课题方向选的是生信—tcga数据的利用，虽说本科专业与生物相关，但在整个大学期间基本就是在不挂科的情况下尽可能地与生物对着干 下载miRNASeq时，将文本下载到一个指定文件夹后，点击“合并文件”，我们会在指定文件夹中找到合并后的文本文件Merge_matrix.txt。 2、合并完后的数据列为geneID，行为Barcode（TCGA对样本的分类），但是，后面我做数据时发现中间有一行数据是无用的，显示read_count 所有工作都是作为irb批准的协议（bcm irb h-32711）的一部分进行的，该协议利用主要同意文件一般参与tcrb，并附有oa数据发布的选择同意附录。 在共有超过2, 500名参与者中，194名TCRB参与者提供了签署参与OA共享的选择加入附录的选项，超过一半的参与者同意在同意 “symbol.txt”（仅展示部分）:数据为TCGA-LUSC的转录本FPKM文件 “immune cell.txt”（仅展示部分）:免疫细胞基因集. 2.ssGSEA分析.

使用R包下载TCGA全部癌症的somatic突变信息- 知乎

首先需要下载TCGA的结直肠癌甲基化位点信号矩阵文件： Tissue DNA methylation data were obtained from the TCGA (TCGA, TCGA-COAD, and 生信自学网-速科生物-免费生信视频教程，提供全方位生信数据挖掘学习，有TCGA数据挖掘，GEO表达谱芯片，SEER数据库，TARGET儿童肿瘤数据库，TCGA甲基化，网络药理学，中药复方网络药理学，16s测序，R语言，Perl语言学习，Cytoscape软件，GDSC数据库，GO富集，KEGG富集通路，GSEA富集分析，miRNA靶基因预测 Python脚本下载TCGA大数据，非常简单，开放源代码 6316 2018-07-10 前言 使用TCGA官方的gdc-client下载工具有时候很慢，经常会挂掉，那干脆自己写一个下载小程序。于是使用TCGA的API写了个下载TCGA数据的脚本，脚本也是需要下载manifest文件的。 环境 后期将改进，把程序 MATH值与肿瘤突变负荷，KI67基因的表达及肿瘤内异质性的的相关性（图A） MATH值在TCGA-BRCA中的生存分析（图B,C） 计算MATH值. Step1. 从TCGAmutations包获得TCGA-BRCA 的体细胞突变maf文件 R语言中的RTCGA包用于下载并分析TCGA上的数据，如要查看RTCGA的示例用法，可以使用如下命令打开”RTCGA package workflow” 1234> browseVignettes("RTCGA")# 运行之后打开下面这个页面：[RTCGA package workflow](http://127.0.0.1:14929/session/Rvig.2eb41b5b1ec3.h 一、数据下载下载体细胞突变数据(.maf格式)。下载流程如下：在TCGA GDC界面->Repository->选择癌型(stomach)->左侧栏Data Format(选择maf)TCGA的突变数据有不同软件得到的不同版本：(选择其中一个)二、数据 利用 pdf.js 实现在前端预览 .pdf 文件. 目录 1. 下载地址： 2. vcf文件怎么打开？VCF是通讯录格式文件，一般用Outlook Express打开。VCF格式是Windows系统中outlook的名片存储格式，打开VCF格式需要使用各手机的配套软件，用outlook也可以打开VCF文件。 经过多年的发展，sas 已被全世界 120 多个国家和地区的近三万家机构所采用，直接用户则超过三百万人，遍及金融、医药卫生、生产、运输、通讯、政府和教育科研等领域。 sas在读书那会就听说了，但是由于其极其贵。。而且在学术界用的似乎并不广？ tcga数据库的利用（一）—— 数据下载！ 26453 2019-04-20 前序还有1个多月就要毕业了，而在此之前需要顺利完成自己的毕设，因为对纯生物方向一点也不感兴趣，所以课题方向选的是生信—tcga数据的利用，虽说本科专业与生物相关，但在整个大学期间基本就是在不挂科的情况下尽可能地与生物对着干 下载miRNASeq时，将文本下载到一个指定文件夹后，点击“合并文件”，我们会在指定文件夹中找到合并后的文本文件Merge_matrix.txt。 2、合并完后的数据列为geneID，行为Barcode（TCGA对样本的分类），但是，后面我做数据时发现中间有一行数据是无用的，显示read_count 所有工作都是作为irb批准的协议（bcm irb h-32711）的一部分进行的，该协议利用主要同意文件一般参与tcrb，并附有oa数据发布的选择同意附录。 在共有超过2, 500名参与者中，194名TCRB参与者提供了签署参与OA共享的选择加入附录的选项，超过一半的参与者同意在同意 “symbol.txt”（仅展示部分）:数据为TCGA-LUSC的转录本FPKM文件 “immune cell.txt”（仅展示部分）:免疫细胞基因集.

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从事生物信息学数据分析6年的一些思考和总结. 截止到今天(2019年11月)我的生信之路已经有6个年头了，然后在中国各大城市做了一些宣讲，分享自己成长为生信工程师的一些心路历程，巡讲动态 csdn已为您找到关于tcga相关内容，包含tcga相关文档代码介绍、相关教程视频课程，以及相关tcga问答内容。为您解决当下相关问题，如果想了解更详细tcga内容，请点击详情链接进行了解，或者注册账号与客服人员联系给您提供相关内容的帮助，以下是为您准备的相关内容。 oschina.net 是目前领先的中文开源技术社区。我们传播开源的理念，推广开源项目，为 it 开发者提供了一个发现、使用、并交流开源技术的平台 我们以最新的结直肠癌为例，看看他们是如何发现可用于液体活检的特定ctDNA甲基化位点，而且是诊断和预后模型一起搞！ 第一阶段：数据挖掘. 首先需要下载TCGA的结直肠癌甲基化位点信号矩阵文件： Tissue DNA methylation data were obtained from the TCGA (TCGA, TCGA-COAD, and TCGAbiolinks：搜索GDC数据库发表时间：2019年3月20日TCGAbiolinks提供了一些搜索GDC数据库的功能。本节首先介绍GDC数据的两个可以用的源：Harmonized和Legacy Archive。然后提供一些实例，探究如何如何访问和使用它们。1. 一些有用的信息1.1. 不 具体的对比如下所示： 打开项目的package.json文件，找到该文件里面的scripts 根据scripts里面是serve还是dev来启动项目： 因此，在运行Vue项目的时候，npm run serve和npm run dev的区别就在于vue-cli脚手架的版本，具体情况还是要根据项目的实际情况来处理。 2017年9月3日 下載TCGA所有癌症的maf文件計算TMB 降解；TMB需要有更多的臨牀證據説明 與免疫檢查點抑制劑療效之間的 只不過該文章作者對TCGA找到的mutation進行 了VAF的過濾，還有測序 COAD, 13.05, 16.575, 10.425, 13.025. 文件格式那么多，都可以了解一二，当然，不需要背诵它们所有的细节，不过对 下面 不过，也有一些时候fastq数据并不是测序仪直接下机的，而且他人上传到了 NCBI的SRA中心，我们下载下来解压后一般 这些TAG也是可以在VCF的头文件 找到的 这些列都在表1中进行了详细注释，每个MAF文件中都必须按照相应格式 进行  4 Feb 2021 MAF files contain many fields ranging from chromosome names to cosmic annotations. #path to TCGA LAML MAF file laml.maf = system.file('extdata', ' tcga_laml.maf.gz', Thanks to authors for making sourc 2019年7月18日 那么我们今天就带着大家解锁下载的snp数据如何处理。既然是处理maf格式的文件 ，那我们今天的主角便是maftools工具。 非常方便进行一系列可视化操作，而且 大部分都是一行代码出图，基本上不需要太高深的R语言知识。 2021年3月10日 *protected.maf ：一般VCF文件中会记录多个转录本变异信息，但是这个maf文件只 下面 将以TCGA LAML cohort 为例，来看看maftools的使用 如果CNV数据从 firehose下载，那么临床信息与MAF文件也需要从firehose下载  2019年9月16日 瀑布图”，以及一些细节的更改和注释。 本文继续介绍maftools对于MAF文件的 其他应用，为更易理解和重现，本次使用TCGA下载的LIHC数据。 需要参考基因组文件，还有要关注的区域如chr17plus.

不 具体的对比如下所示： 打开项目的package.json文件，找到该文件里面的scripts 根据scripts里面是serve还是dev来启动项目： 因此，在运行Vue项目的时候，npm run serve和npm run dev的区别就在于vue-cli脚手架的版本，具体情况还是要根据项目的实际情况来处理。 2017年9月3日 下載TCGA所有癌症的maf文件計算TMB 降解；TMB需要有更多的臨牀證據説明 與免疫檢查點抑制劑療效之間的 只不過該文章作者對TCGA找到的mutation進行 了VAF的過濾，還有測序 COAD, 13.05, 16.575, 10.425, 13.025. 文件格式那么多，都可以了解一二，当然，不需要背诵它们所有的细节，不过对 下面 不过，也有一些时候fastq数据并不是测序仪直接下机的，而且他人上传到了 NCBI的SRA中心，我们下载下来解压后一般 这些TAG也是可以在VCF的头文件 找到的 这些列都在表1中进行了详细注释，每个MAF文件中都必须按照相应格式 进行  4 Feb 2021 MAF files contain many fields ranging from chromosome names to cosmic annotations. #path to TCGA LAML MAF file laml.maf = system.file('extdata', ' tcga_laml.maf.gz', Thanks to authors for making sourc 2019年7月18日 那么我们今天就带着大家解锁下载的snp数据如何处理。既然是处理maf格式的文件 ，那我们今天的主角便是maftools工具。 非常方便进行一系列可视化操作，而且 大部分都是一行代码出图，基本上不需要太高深的R语言知识。 2021年3月10日 *protected.maf ：一般VCF文件中会记录多个转录本变异信息，但是这个maf文件只 下面 将以TCGA LAML cohort 为例，来看看maftools的使用 如果CNV数据从 firehose下载，那么临床信息与MAF文件也需要从firehose下载  2019年9月16日 瀑布图”，以及一些细节的更改和注释。 本文继续介绍maftools对于MAF文件的 其他应用，为更易理解和重现，本次使用TCGA下载的LIHC数据。 需要参考基因组文件，还有要关注的区域如chr17plus. which itself is over 10x 我们也可以拿TCGA的MAF突变数据尝试下，先从TCGA官网上下载相关数据，比如 我 The code for our implementation of a variant calling workflow using Swift/T  2018年3月8日 maf格式的mutation记录文件在TCGA里面已经是level4的数据啦，所以是完全open 的，可以随意下载，只需要去其GDC官网简单点击，选择即可  2017年9月2日 下载TCGA所有癌症的maf文件计算TMB 点抑制剂疗效之间的关系；TMB作为 潜在的bio-marker，cut off需要定义。 只不过该文章作者对TCGA找到的mutation 进行了VAF的过滤，还有 COAD, 13.05, 16.575, 10.425, 13.025.